携程控股去哪儿后，携程自身股权也发生了很大变化，百度变身成携程最大股东。
携程递交的2015年年报显示，截止到2016年3月31日，携程一共有57,769,992股普通股，其中，百度持有12,480,233.5股，持股比例为21.6%，远高于携程其他机构股东和个人。
截止到2016年3月31日携程股权结构（腾讯科技配图）
Priceline Entities持5,684,731.25股，比例为9.8%，Baillie Gifford&Co(Scottish Partnership)持3,381,862股，比例为5.9%，Capital World Investors持有2,876,775股，比例为5.0%。
携程CEO梁建章持有970,540股，持股比例仅为1.4%，低于携程前CEO范敏的1.6%。
截止到2015年3月31日携程股权结构（腾讯科技配图）
而截止到2015年3月31日，携程一共有35,509,956股，最大股东为Priceline Entities，持股数为3,190,458股，占股8.98%，Capital World Investors持2,920,625股，占比8.22%。
Baillie Gifford&Co(Scottish Partnership)持有2,851,910股，持股比例为8.03%；T.Rowe Price Associates,Inc.持有2,098,057股，持股比例为5.91%。
携程CEO梁建章持有750,020股，持股比例为1.8%。携程前CEO范敏持股比例为2.7%。
对比携程2015年和2014年年报发现，携程多出22,260,036股，多出股本为原来股本的62.6%。
形成这一现象的重要原因是，百度与携程达成一项股权置换交易。根据交易内容，百度通过此交易完成前拥有的178,702,519股去哪儿网A类普通股和11,450,000股去哪儿B类普通股置换成11,488,381股携程增发的普通股。
该项交易股票置换比例是每个去哪儿美国存托凭证可转换成0.725个携程美国存托凭证。交易完成后，百度有携程普通股可代表约25%携程总投票权，携程有约45%去哪儿总投票权。
此外，2015年12月，去哪儿宣布中小股东批准去哪儿员工与携程换股方案。根据这一方案，去哪儿在职员工持有QUNR股份及未来期权以1:0.725转换携程股份的完整法律协议签署。
年报显示，携程在2016年1月和3月进行了一项价值28亿美元的交易，包括10亿美元的现金和新发行的价值18亿美元的股份，以换取去哪儿中小股东所持有的去哪儿股权。
比较奇怪的是，截止到2016年3月31日，携程只持有去哪儿190,152,519股，占比43.8%。携程价值28亿美元的换股在去哪儿股东层面并没有获得直接的体现。
截止到2016年3月去哪儿股权结构（腾讯科技配图）
去哪儿市值约56亿美元，携程价值28亿美元换股意味着携程又获得去哪儿约一半股权。
年报显示，截止到2016年3月31日，去哪儿共有434,347,172股，约一半则意味着去哪儿又有217,173,586股被携程控制，加上从百度获得的190,152,519股，才是携程所持真实股权。
那么，携程应该一共持有去哪儿407,326,105股，占去哪儿总股本的93.78%股，也就是说，去哪儿真正在外的流通股仅为27,021,067股，占去哪儿总股本的比例仅为6.22%。
由于去哪儿部分投资人和股东是以1:0.725转换携程股份，比如，截止到2015年3月31日，去哪儿CEO庄辰超持25,669,778股去哪儿股份，持股7.1%。
假设庄辰超未减持，那么，庄辰超转成所持携程的股份应为1,549,708股，持有携程股份应为2.6%，持股超过梁建章、范敏，成携程最大单一个人股东。
由于去哪儿每股ADS代表3股B类普通股，庄辰超这部分股权的价值约3.6亿美元。
携程28亿美元的出资则至少可换取去哪儿179,688,000股，此前，携程还持有去哪儿190,152,519股，则一共可持有369,840,519股，那携程持有去哪儿股份保守估计也超过85%。
这意味着，M Strat Holdings GP,Ltd.、Momentum Strategic Holdings GP,Ltd.这些去哪儿陌生股东可能都是携程的“马甲”，只是在前台帮助携程代持股份，去哪儿只有少数股东仍持有。
一位基金行业人士曾点评说，“去哪儿的股东分成了3个等级，百度是坐着直升机过去，去哪儿管理层、员工和部分大基金是坐着救生艇过去，去哪儿其他中小股东可能就得自救了。”
分析人士指出，去哪儿超50%的中小股东批准去哪儿员工与携程换股方案背后，还有一部分股东其实并不同意换股方案，这就是那批需要自救，不能以1:0.725转换携程股份的股东。
那么，携程为何要通过陌生的基金在前台帮忙掩盖所持有的去哪儿股份呢？
其原因在于，携程和去哪儿在相对成熟的在线旅游市场上，两者合并可能就会垄断市场，必须进行反垄断申报，而一旦进行反垄断申报，客观上就存在不予批准或附条件批准的可能性。
